Cabe à Comissão de Gestão de Albufeiras (CGA) a gestão articulada das várias albufeiras e a harmonização dos objetivos dos diferentes utilizadores envolvidos, nomeadamente na altura do enchimento das albufeiras (outono-inverno) e quando a sua utilização é mais intensa e ocorre, simultaneamente, uma maior evaporação (primavera-verão).
Neste quadro, a resolução de conflitos de utilização da água em situação de escassez passa pela atribuição de prioridades na sua fruição, constituindo-se o abastecimento público como prioritário em absoluto.
Em situações de emergência provocadas por iminência ou ocorrência de cheias ou rotura de barragens, a Comissão constitui-se em Comité Permanente para tomar as medidas adequadas ao acompanhamento da sua evolução.
Nas sessões plenárias são estipuladas as regras de elaboração dos programas de exploração e definidos os níveis máximos e mínimos de armazenamento das albufeiras.
A Comissão Plenária é presidida pela APA e integram representantes da/o:
- Direção-Geral da Autoridade Marítima;
- Autoridade Nacional de Emergência e Proteção Civil;
- Direção Geral de Energia e Geologia;
- Direção-Geral de Agricultura e Desenvolvimento Rural;
- Instituto Português do Mar e da Atmosfera;
- Entidade Reguladora dos Serviços de Água e Resíduos;
- Instituto da Conservação da Natureza e das Florestas;
- Grupo Águas de Portugal;
- Empresa De Desenvolvimento e Infraestruturas do Alqueva;
- Redes Energéticas Nacionais;
- Grupo EDP - Energias de Portugal, S. A.
Nas subcomissões regionais são apreciados, avaliados e aprovados os programas de exploração das albufeiras apresentados pelas entidades responsáveis pela respetiva exploração.